Waterschappen zorgen binnen het nationale en Europese beleid voor goede watercondities voor plant en dier. Uitgangspunt daarbij is het realiseren van ecologische doelen in een zorgvuldige balans met wat particulieren en ondernemers willen.
De waterschappen zien veel kansen voor natuurbeleid in samenhang met hun kerntaken: droge voeten, schoon water en voldoende water. Dat ook in samenhang met het Nationale en provinciale natuurbeleid.
Waterschappen dragen in belangrijke mate bij aan concreet behoud van biodiversiteit. De Gedragscode Wet natuurbescherming is daarbij een belangrijk middel. Maar ook de aanleg van milieuvriendelijke oevers, beekherstel, aanleg van vistrappen en visvriendelijk maken van gemalen zijn concrete voorbeelden van de bijdragen die de waterschappen leveren.
Een aan natuur gelieerd dossier is de Programmatische aanpak stikstof. Uitspraken van de Raad van State hebben de bestaande regelgeving voor stikstof producerende projecten voor een deel buiten werking geplaatst. Met het Rijk en de mede-overheden werken waterschappen aan het vinden van oplossingen voor de hierdoor ontstane situatie.