De waterschappen heffen niet alleen zelf belastingen maar zij moeten ook enkele belastingen aan de Rijksoverheid betalen. De Unie van Waterschappen verzorgt de belangenbehartiging wanneer wijzigingen in rijksbelastingen de waterschappen raken.
Afvalstoffenbelasting
Afvalwater dat door huishoudens en bedrijven op het gemeentelijk rioolstelsel wordt afgevoerd, wordt door de waterschappen gezuiverd in rioolwaterzuiveringsinstallaties. Bij het zuiveringsproces ontstaat zuiveringsslib. Dit is een mengsel van vuil en bacteriën. Het grootste deel van het zuiveringsslib wordt verbrand, een deel wordt gestort. Het verbranden van zuiveringsslib gebeurt in de meeste gevallen in zogenoemde mono-verbranders. Dit zijn installaties waarin alleen zuiveringsslib wordt verbrand.
In beginsel moeten de waterschappen over het storten en verbranden van het zuiveringsslib afvalstoffenbelasting aan het Rijk betalen. Op dit moment is het verbranden van zuiveringsslib in een mono-verbrander van heffing vrijgesteld. Ook het verbranden van zuiveringsslib in een afvalverbrandingsinstallatie waarin ook andere afvalstoffen worden verbrand is momenteel vrijgesteld. In het Regeerakkoord 2017-2021 werd echter voorgesteld om laatstgenoemde vrijstelling af te schaffen. Deze afschaffing is toen uiteindelijk dankzij een lobby vanuit de Unie van Waterschappen niet doorgegaan.
In augustus 2024 hebben Ecorys en CE Delft in opdracht van het ministerie van Financiën een evaluatie van de afvalstoffenbelasting opgeleverd. Bij het toetsen van de vrijstelling voor zuiveringsslib aan het toetsingskader fiscale regelingen komen de onderzoekers tot het oordeel dat de vrijstelling niet doeltreffend is. Ze doen het kabinet de aanbeveling om deze vrijstelling af te schaffen.
Het demissionaire kabinet is daarom van plan om de vrijstelling voor het verbranden van zuiveringsslib binnen de afvalstoffenbelasting af te schaffen. Dit staat waarschijnlijk in het Belastingplan 2026 en levert de schatkist naar schatting € 11 miljoen per jaar op. De Unie van Waterschappen behartigt opnieuw de belangen van de waterschappen bij de voorgenomen afschaffing van de vrijstelling voor zuiveringsslib.
Omzetbelasting (btw)
Waterschappen zijn zolang ze als overheid handelen en niet in concurrentie treden met marktpartijen, niet btw-plichtig. Dit heeft als keerzijde dat zij de btw die hen bij inkoop of inhuur in rekening wordt gebracht, niet kunnen aftrekken. De btw is daarom een kostenpost voor waterschappen. Wanneer waterschappen als ondernemer handelen, is dit anders. Dan zijn zij btw-plichtig en kunnen zij btw in aftrek brengen.
Vennootschapsbelasting
Vennootschapsbelasting (vpb) is een belasting die ondernemers over hun winst aan het Rijk betalen. Sinds 1 januari 2016 moeten ook overheidsondernemingen deze belasting aan het Rijk betalen wanneer zij met hun activiteiten winst behalen. Bijvoorbeeld winst behaald bij de productie en verkoop van biogas, elektriciteit en grondstoffen of bij detacheringen en aannemerswerk.
Het doel van de verruiming van de belastingplicht van de vennootschapsbelasting was om een gelijk speelveld te creëren voor private ondernemingen en overheidsondernemingen. Voor typische marktactiviteiten valt hier veel voor te zeggen. De verruiming van de belastingplicht kan echter ook een belemmering vormen om de eigen waterschapstaken zo doelmatig, efficiënt en duurzaam mogelijk uit te voeren.
De waterschappen hebben met het Rijk afspraken gemaakt op het gebied van duurzaamheid, innovatie en vergroening, bijvoorbeeld in het Klimaatakkoord. De vennootschapsbelasting zorgt ervoor dat het behalen van deze doelstellingen wordt belemmerd. De vennootschapsbelasting verandert namelijk de businesscase (terugverdientijd), waardoor sommige ontwikkelingen niet doorgaan. Ook levert de vennootschapsbelasting voor de waterschappen extra administratieve lasten en risico’s op.